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Le service de pathologie clinique assure une , principalement sur les tissus issus de biopsies ou des pièces opératoires. Cette activité permet ainsi d’orienter la prise en charge des patients et contribue de façon majeure aux décisions thérapeutiques. En plus, par la réalisation d’autopsies médicales et par ses activités de recherche et développement, le service de pathologie clinique participe à la compréhension des mécanismes physiopathologiques impliqués dans les processus lésionnels. Le service a aussi des missions de et d’

Description du poste

• En tant que bioinformaticien ou bioinformaticienne, vous jouez un rôle important dans le développement, la supervision et la maintenance de pipelines bioinformatiques dédiés aux analyses diagnostiques en pathologie moléculaire. Ces analyses incluent notamment le séquençage à haut débit de l’ADN et de l’ARN pour la détection de variants, fusions et variations du nombre de copies (CNV), les SNP arrays par Oncoscan pour l’analyse des CNV et score HRD, les EPIC arrays, ainsi que le séquençage Nanopore pour l’analyse du méthylome
• Vous apportez un soutien aux pathologistes et aux biologistes dans l’interprétation des résultats et la discussion de cas diagnostiques, notamment dans le cadre de réunions pluridisciplinaires (tumor boards). Vous assurez le bon fonctionnement des applications et de l’infrastructure utilisées avec les partenaires internes (DSI) et externes (SIB) du SPC, et vous assurez que les applications remplissent les exigences souhaitées et réglementaires. Vous jouez également un rôle important dans les projets interdépartementaux en cours (p.e. DRAPO)
• Vous anticipez et intégrez les évolutions technologiques en bio-informatique appliquée aux analyses moléculaires, en accompagnant les biologistes, pathologistes et autres acteurs et actrices du diagnostic dans l’identification de solutions adaptées. Vous contribuez également à la conception et à l’évaluation d’outils pour l’analyse de données moléculaires (multiomique, métadonnées, analyses assistées par ordinateur, etc.), en considérant les contraintes cliniques, les bénéfices et les coûts associés
• Une vision intégrative de la pathologie est fortement souhaitée. Des compétences ou un intérêt pour la pathologie computationnelle — en particulier dans le cadre d’analyses bioinformatiques en complémentarité avec des données moléculaires — ainsi qu’une familiarité avec les approches d’intelligence artificielle seraient un atout
• Vous êtes titulaire d'un Master ou PhD en bioinformatique, biologie, informatique, mathématiques, physique, médecine ou équivalent. Vous avez au moins 2 ans professionnelle dans le domaine des analyses bioinformatiques. Vous connaissez les derniers développements et comprenez comment ils peuvent être intégrés dans le contexte d'un laboratoire d'analyses cliniques
• Vous avez d’excellentes connaissances en programmation/développement informatique et dans le domaine biologique/médical associé au poste. En particulier, vous avez déjà acquis des qualifications ou la possibilité d'acquérir des compétences dans les domaines suivants :
• Vous avez ou la possibilité d'acquérir de solides compétences en programmation/script (par exemple en Python, R, Bash)
• Vous avez ou la possibilité d'acquérir une expérience avec les pipelines d'analyse de données NGS
• Vous avez ou la possibilité d'acquérir l'identification de variants, et connaissance de l'annotation et de l'interprétation des variants à l’aide de différents outils (COSMIC, ClinVar, Oncokb, CIVIC, etc)
• Vous avez ou la possibilité d'acquérir l'analyse et interprétation de fusions, des CNV liés en particulier au score HRD
• Vous avez ou la possibilité d'acquérir l'analyse de méthylation (par exemple EPIC array, séquençage Nanopore)
• Vous avez ou la possibilité d'acquérir de la connaissance des systèmes de gestion des flux de travail (par exemple Snakemake, Nextflow, WDL)
• Vous avez une excellente compréhension des exigences d’un environnement clinique, où le respect des délais ainsi qu’une grande réactivité sont prioritaires
• Vous disposez d’excellentes compétences en documentation, garantissant la traçabilité des analyses bioinformatiques, ainsi qu’en communication, notamment pour transmettre des résultats de manière claire à un public non spécialisé en bioinformatique
• Vous appréciez le travail en équipe interdisciplinaire et contribuez activement au partage des connaissances, en facilitant et stimulant les échanges notamment entre bioinformaticiens, pathologistes et biologistes

Votre dossier de candidature doit comporter une lettre démontrant votre motivation, votre curriculum vitae, les copies des diplômes et attestations requis pour le poste et les 2 derniers certificats de travail

Souhaitant s’engager dans la lutte contre le chômage, les HUG encouragent les candidatures qui proviennent de l’Office cantonal de l’emploi